تؤمن الكنائس البروتستانتية بنفس أصول المعتقدات التي تؤمن بها الكنيسة الكاثوليكية، ولكنها تخالفها في بعض الأمور، ومنها ما يلي:
الخضوع لنصوص الكتاب المقدس وحده، حيث إن الكتاب المقدس بعهديه هو دستور الإيمان، وعليه تقاس قرارات المجامع السابقة وأوامر الكنيسة؛ فيُقبل ما يوافقه فقط، يقول لوثر: (يجب أن يكون الكتاب المقدس مرجعنا الأخير للعقيدة أو أداء الشعائر).
عدد أسفار العهد القديم ستة وستون سفراً، وهي الأسفار القانونية، أما باقي الأسفار- وعددها أربعة عشر- فتسميها الأبوكريفيا، أي: غير الصحيحة فلا تعترف بها.
كما لا تؤمن الكنائس البروتستانتية بعصمة البابا أو رجال الدين، وتهاجم بيع صكوك الغفران حيث ترى أن الخلاص والفوز في الآخرة لا يكون إلا برحمة الله وكرمه، وفي الدنيا في الالتزام بالفرائض والكرازة: التبشير بالإنجيل.
إن القديسيين لقب يمكن أن يوصف به كل إنسان نصراني، حيث إن القداسة في فهمهم ليست في ذات الشخص، ولكنها مقام يصل إليه.
ترفض البروتستانتية مرتبة الكهنوت حيث إن جميع المؤمنين بها كهنة، وليس هناك وسيط ولا شفيع بين الله والإنسان سوى شخص المسيح؛ لأنه جاء في معتقدهم رئيساً للكهنة، كما لا تؤمن بالبخور والهيكل.
تؤمن بسرَّين فقط من أسرار - فروض- الكنيسة، وهما سرَّا المعمودية، والعشاء الرباني، على خلاف بينهم في كيفية حضور المسيح سر العشاء.
لا تؤمن بالصوم كفريضة، بل هو سنة حسنة، ولا يُطلق إلا على الإمساك عن الطعام مطلقاً فقط.
كما لا تؤمن بالأعياد التي تقيمها الكنائس الأخرى.
الصلاة ليس لها مقدار محدد، كما أنه ليس من الحتم الالتزام بحرفية الصلاة الربانية؛ ولذلك يجيزون الصلاة بلغة غير مفهومة كاللاتينية التي تستعملها الكنائس الكاثوليكية.
لا تؤمن الكنيسة البروتستانتية بنظام الرهبنة.
الكهنوت درجتان فقط هما: القسوسية، الشمامسة، الراعي هو الأسقف، والرئاسة تكون بمجمع السنودس لا لفرد.
منع البروتستانت اتخاذ الصور والتماثيل في الكنائس والسجود لها، معتقدين أن ذلك منهي عنه في التوراة.
تؤمن بعض الكنائس الإنجيلية - الصهيونية - أن شرط المجيء الثاني للمسيح هو إقامة دولة إسرائيل في فلسطين.